中国外交部长唐家璇于1998年4月访问印尼，承诺向印尼提供4亿美元克服金融危机，使两国关系空前友好，并表示愈发严重的社会动荡，以及以当地华人为目标的种族暴力问题属于印尼内政，中国不会干涉。时任中国社会科学院东南亚研究所主任张蕴岭表示在五月暴动爆发之前，北京当局只是单纯期望暴乱不会发生。认为印尼黑色五月暴动是他国内政，因受波及的多为华裔印尼公民，不承认双重国籍的中国政府基于和平共处五项原则采取不干涉政策。
从1998年5月13日起，大规模暴乱开始发生。骚乱期间，中国外交部成立24小时值班应急小组，制订护侨撤侨方案。5月21日，中国外交部发言人朱邦造在回答记者提问时表示，中国政府一直密切注意印尼局势的发展，对滞留于当地包括港澳台公民在内的中国侨民境遇十分关注。
暴动发生数个月后，《人民日报》于8月15日报导，中国驻印尼大使馆在骚乱期间曾逐个拨打电话确认300多名登记在册中国公民的安危，并开车进入骚乱地区将受困者转移至安全地带，同时要求航空公司多开三个航班，撤走200余人。